Análise de dados de NGS para identificação de microrganismos
Identifique microrganismos com uma plataforma simples e eficiente, utilizando pipelines que implementam o estado-da-arte em bioinformática.
Somos parte do melhor Hospital da América Latina:
Preservamos a diversidade e a cultura organizacional de qualidade do Hospital Israelita Albert Einstein, considerado pelo ranking da revista América Economía Intelligence como o melhor hospital da América Latina.
Como o Varsmetagen pode te ajudar
Tenha o aliado ideal na prática da medicina diagnóstica mais precisa para doenças infecciosas e análise do microbioma.
Método tradicional
 | Diagnóstico genérico de virose |
|
|
PCR específico para cada patógeno |
Viroma + Varsmetagen
 | 1 único exame de wet-lab |
| Diagnóstico preciso |
Passo a passo
1.Configuração da rotina
Cadastre uma rotina de análise especificando dados básicos, como pipeline de bioinformática desejado, plataforma de sequenciamento e kit utilizado no processo.
1.Configuração da rotina
Você cadastrará uma rotina de análise, especificando dados básicos, como pipeline de bioinformática desejado, plataforma de sequenciamento e kit utilizado.
2.Upload dos arquivos
Na etapa de upload, envie os arquivos brutos de sequenciamento NGS das amostras clínicas. O Varsmetagen aceita os principais formatos (FASTQ e FASTQ.GZ) e as principais plataformas de sequenciamento (Illumina e Ion Torrent).
3.Processamento de dados
É possível relacionar cada amostra (arquivos de entrada) a informações como data de coleta, tipo de amostra, ID único, paciente previamente cadastrado. Em seguida, apenas inicie o processamento e acompanhe o progresso.
3.Processamento de dados
Você poderá relacionar cada amostra (arquivos de entrada) a informações como data de coleta, tipo de amostra, ID único, paciente previamente cadastrado. Em seguida precisará só iniciar o processamento e acompanhar o progresso.
4.Análise e suporte à interpretação de resultados
Após finalizado o processamento, é possível avaliar métricas de qualidade e a diversidade de microrganismos presentes em cada amostra individualmente. Garantindo assim, mais segurança e praticidade na análise (interpretação dos resultados para geração de relatórios e laudos).
Implemente a medicina de precisão para o diagnóstico de doenças infecciosas!
Uma ferramenta robusta e intuitiva
Interface simples e prática
Análises mais eficientes
Resultados mais claros e intuitivos
Anomalymeter
Escore de anomalia que tem o objetivo de destacar as espécies mais relevantes em uma amostra através de algoritmos de inteligência artificial. A ferramenta Anomalymeter do Varsmetagen é capaz de identificar organismos mais comuns, como bactérias que fazem parte da microbiota humana, e atribuir uma baixa pontuação a elas. Por outro lado, microrganismos atípicos como os patogênicos ou em abundância anormal, recebem uma pontuação alta. Desta forma, o algoritmo auxilia o pesquisador ou analista na priorização dos organismos mais relevantes para a análise.
Case de sucesso
Projeto SarsOmics, financiado pelo CNPq, surgiu no início da pandemia e realiza o sequenciamento de vírus da COVID-19, o SARS-CoV-2, além de estudar coinfecções com outros vírus, bactérias e fungos no trato respiratório de pacientes com COVID-19. Uma quantidade gigantesca de dados NGS vem sendo gerada pelo projeto, e a praticidade e escalabilidade do Varsmetagen tem ajudado no processo de análise e interpretação destes resultados.
Case de sucesso
Faça análises seguindo as diretrizes do College of American Pathologists.
O Varsmetagen permite implementar as principais diretrizes do CAP em sua análise.
FAQ
Ainda hoje, vemos com muita frequência pacientes com síndrome febril que procuram atendimento sem que o agente etiológico seja precisamente identificado, pois os exames de PCR geralmente são específicos para identificar apenas um patógeno, fazendo com que o médico tenha que pedir vários exames. Isto pode demandar um tempo valioso que poderia ser aproveitado para o tratamento do paciente. Neste sentido, o exame de viroma, aliado com uma solução de bioinformática única e intuitiva como o varsmetagen, ajudará a trazer o paradigma da medicina de precisão ao diagnóstico de doenças infecciosas. Qualquer que seja o vírus, um único exame de wet-lab pode fornecer os dados para diagnóstico
– Analistas de laboratório que fazem exames na área de metagenômica e genômica de microrganismos e que não possuem conhecimentos aprofundados de bioinformática;
– Bioinformatas ou analistas que enfrentam problemas com as definições de pipelines para análises de dados de microrganismos;
– Pesquisadores da área de microbiologia e metagenômica que desejam obter resultados de análises
para projetos e publicação;
– Médicos patologistas ou infectologistas que desejam inspecionar ou validar resultados para geração de laudo;
Além de fornecermos toda a infraestrutura computacional, simplificamos a configuração de pipelines para análises de dados de microrganismos. Desta forma, você não precisará se preocupar com definições de parâmetros e configuração de ferramentas durante as etapas do processamento.
Instituições que confiam no nosso trabalho
