Varsomics

A mais nova plataforma para análise e identificação de microrganismos em dados de NGS

Faça análises de forma simples, rápida e informativa para doenças infecciosas, através de uma plataforma robusta e eficiente com pipelines personalizados de bioinformática.

Como o Varsmetagen pode te ajudar

Tenha o aliado ideal na prática da medicina de precisão com diagnósticos mais precisos para doenças infecciosas.

 

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Solução

Método tradicional

Diagnóstico genérico de virose
PCR específico para cada patógeno

Viroma + Varsmetagen

Diagnóstico genérico de virose
PCR específico para cada patógeno

Passo a passo

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1.Upload dos arquivos

Na etapa de upload, você enviará os arquivos brutos de sequenciamento NGS das amostras clínicas. O Varsmetagen aceita os principais formatos (FASTQ, FASTQ.GZ e BAM).

2.Configuração do Pipeline

Após o upload, você cadastrará uma rotina de análise, especificando dados básicos, como pipeline de bioinformática desejado, plataforma de sequenciamento e kit utilizado.
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2.Configuração do Pipeline

Após o upload, você cadastrará uma rotina de análise, especificando dados básicos, como pipeline de bioinformática desejado, plataforma de sequenciamento e kit utilizado.
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3.Processamento de dados

Você poderá relacionar cada amostra (arquivos de entrada) a informações como data de coleta, tipo de amostra, ID único, paciente previamente cadastrado. Em seguida precisará só iniciar o processamento e acompanhar o progresso.

4.Análise

Após finalizado o processamento, você poderá avaliar métricas de qualidade e a diversidade de organismos presentes em cada amostra individualmente. Garantindo assim mais segurança e praticidade na análise (interpretação dos resultados para geração de relatórios e laudamento).
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4.Análise

Após finalizado o processamento, você poderá avaliar métricas de qualidade e a diversidade de organismos presentes em cada amostra individualmente. Garantindo assim mais segurança e praticidade na análise (interpretação dos resultados para geração de relatórios e laudamento).

Somos parte do melhor Hospital da América Latina:

Prezervamos a cultura organizacional de qualidade e diversidade que nos faz enxergar o longo prazo e valorizar o presente.

Interface simples e prática

Simplifique e concentre todas as etapas de análises e interpretação dos resultados em um só lugar

Análises mais eficientes

Ganhe escalabilidade com múltiplas amostras sendo processadas simultaneamente

Resultados mais claros e intuitivos

Tenha diagnósticos e caracterização de doenças infecciosas com maior qualidade.

Nossa história

O Varsmetagen surge com a dor de bioinformatas/analistas/patologistas em automatizar análises de bioinformática de uma maneira que fosse escalável e de interpretar os resultados para chegar a um diagnóstico sobre a possível doença infecciosa do paciente. Da mesma forma que os exames de painéis genéticos e exoma levaram ao surgimento do Varstation, o exame do Viroma e outros exames para microrganismos levaram à criação do Varsmetagen. A área de diagnóstico de doenças infecciosas andou um pouco mais devagar do que a área de genética humana, sendo uma área muito focada em métodos laboratoriais para o diagnóstico (por exemplo, cultura de bactérias em placas de petri). Diferente da área acadêmica de estudo de microrganismos, que utiliza NGS para caracterização de bactérias, vírus e fungos com muita frequência. Estamos dentro do Hospital pioneiro na aplicação de NGS para o diagnóstico de doenças infecciosas no Brasil, e acreditamos que as áreas de metagenômica e infecciosos serão um caminho a ser seguido por muitos laboratórios clínicos no futuro.

Case de sucesso

Projeto SarsOmics, financiado pelo CNPq, surgiu na pandemia e realiza o sequenciamento de COVID. realiza o sequenciamento de SARS-CoV-2 , além de estudar co-infecções com outros vírus, bactérias e fungos, através de sequenciamento de nova geração (NGS).
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Nosso Objetivo

Existe hoje uma demanda reprimida por serviços de bioinformática aplicados em doenças infecciosas devido ao descompasso entre a evolução das técnicas de sequenciamento NGS (sequenciamento Illumina, Thermo, Nanopore e metagenômicas) e a evolução dos conhecimentos técnicos de bioinformática para análise e interpretação destes dados. O Varsmetagen tem como objetivo atender esta demanda por uma análise simples, rápida, informativa e feita com o estado da arte em metodologias de análises de bioinformática.

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Nossa Visão

Ajudar laboratórios a receber todas as vantagens do NGS e da metagenômica independente de disporem de infra estruturas computacionais super sofisticadas e conhecimento super específicos de bioinformática de microorganismos.

Nossa Missão

Simplificar a utilização de técnicas de NGS para o diagnóstico e caracterização de doenças infecciosas, de forma que laboratórios, pacientes e pesquisadores tenham acesso aos resultados de uma maneira objetiva, descomplicada e intuitiva.

FAQ

Ainda hoje, vemos com muita frequência pacientes com síndrome febril que procuram atendimento sem que o agente etiológico seja precisamente identificado, pois os PCRs geralmente são específicos para identificar apenas um patógeno, fazendo com que o médico tenha que pedir vários exames. Neste sentido, o exame do viroma aliado com uma solução de bioinformática única e intuitiva como o varsmetagen, ajudará a trazer o paradigma da medicina de precisão ao diagnóstico de doenças infecciosas. Qualquer que seja o vírus, um único exame de wet-lab pode fornecer os dados para diagnóstico

– Analistas de laboratório que fazem exames na área de metagenômica e genômica de microrganismos e que não possuem conhecimentos aprofundados de bioinformática;
– Bioinformatas ou analistas que enfrentam problemas com as definições de pipelines para análises de dados de microrganismos;
– Pesquisadores da área de microbiologia e metagenômica que desejam obter resultados de análises
para projetos e publicação;
– Médicos patologistas ou infectologistas que desejam inspecionar ou validar resultados para laudamento;

Além de fornecermos toda a infra estrutura computacional, simplificamos a configuração de pipelines para análises de dados de microrganismos. Desta forma você não precisará se preocupar com definições de parâmetros e configuração de ferramentas durante as etapas do processamento.

Instituições que confiam no nosso trabalho

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