Análise e identificação de microrganismos por NGS
Plataforma de bioinformática rápida e eficiente para identificação precisa de patógenos associados à doenças infecciosas e para análise de microbiomas
Somos parte do melhor Hospital da América Latina:
Preservamos a cultura organizacional de qualidade e diversidade que nos faz enxergar o longo prazo e valorizar o presente.
Como o Varsmetagen pode te ajudar
Tenha o aliado ideal na prática da medicina diagnóstica mais precisa para doenças infecciosas. Entenda com o exemplo:
Método tradicional
 | Diagnóstico genérico de virose |
|
|
PCR específico para cada patógeno |
Viroma + Varsmetagen
 | 1 único exame de wet-lab |
| Diagnóstico preciso |
Passo a passo
1.Configuração da rotina
Cadastre uma rotina de análise especificando dados básicos, como pipeline de bioinformática desejado, plataforma de sequenciamento e kit utilizado no processo.
1.Configuração da rotina
Cadastre uma rotina de análise especificando dados básicos, como pipeline de bioinformática desejado, plataforma de sequenciamento e kit utilizado no processo.
2.Upload dos arquivos
Envie os arquivos brutos de sequenciamento NGS das amostras clínicas. O Varsmetagen aceita os principais formatos (FASTQ e FASTQ.GZ) e as principais plataformas de sequenciamento (Illumina e Ion Torrent).
3.Processamento de dados
É possível relacionar cada amostra (arquivos de entrada) a informações como data de coleta, tipo de amostra, ID único, paciente previamente cadastrado. Em seguida, apenas inicie o processamento e acompanhe o progresso.
3.Processamento de dados
Você poderá relacionar cada amostra (arquivos de entrada) a informações como data de coleta, tipo de amostra, ID único, paciente previamente cadastrado. Em seguida precisará só iniciar o processamento e acompanhar o progresso.
4.Análise e suporte à interpretação de resultados
Após finalizado o processamento, é possível avaliar métricas de qualidade e a diversidade de microrganismos presentes em cada amostra individualmente. Garantindo assim, mais segurança e praticidade na análise (interpretação dos resultados para geração de relatórios e laudos).
Implemente a medicina de precisão para o diagnóstico de doenças infecciosas!
Uma ferramenta robusta e intuitiva
Interface simples e prática
Análises mais eficientes
Resultados mais claros e intuitivos
Anomalymeter
Escore de anomalia que tem o objetivo de destacar as espécies mais relevantes em uma amostra através de algoritmos de inteligência artificial. A ferramenta Anomalymeter do Varsmetagen é capaz de identificar organismos mais comuns, como bactérias que fazem parte da microbiota humana, e atribuir uma baixa pontuação a elas. Por outro lado, microrganismos atípicos como os patogênicos ou em abundância anormal, recebem uma pontuação alta. Desta forma, o algoritmo auxilia o pesquisador ou analista na priorização dos organismos mais relevantes para a análise.
Case de sucesso
Projeto SarsOmics, financiado pelo CNPq, surgiu no início da pandemia e realiza o sequenciamento de vírus da COVID-19, o SARS-CoV-2, além de estudar coinfecções com outros vírus, bactérias e fungos no trato respiratório de pacientes com COVID-19. Uma quantidade gigantesca de dados NGS vem sendo gerada pelo projeto, e a praticidade e escalabilidade do Varsmetagen tem ajudado no processo de análise e interpretação destes resultados.
Case de sucesso
Faça análises seguindo as diretrizes do College of American Pathologists.
O Varsmetagen permite implementar as principais diretrizes do CAP em sua análise.
Faça parte da lista de espera
FAQ
Ainda hoje, vemos com muita frequência pacientes com síndrome febril que procuram atendimento sem que o agente etiológico seja precisamente identificado, pois os exames de PCR geralmente são específicos para identificar apenas um patógeno, fazendo com que o médico tenha que pedir vários exames. Isto pode demandar um tempo valioso que poderia ser aproveitado para o tratamento do paciente. Neste sentido, o exame de viroma, aliado com uma solução de bioinformática única e intuitiva como o varsmetagen, ajudará a trazer o paradigma da medicina de precisão ao diagnóstico de doenças infecciosas. Qualquer que seja o vírus, um único exame de wet-lab pode fornecer os dados para diagnóstico
– Analistas de laboratório que fazem exames na área de metagenômica e genômica de microrganismos e que não possuem conhecimentos aprofundados de bioinformática;
– Bioinformatas ou analistas que enfrentam problemas com as definições de pipelines para análises de dados de microrganismos;
– Pesquisadores da área de microbiologia e metagenômica que desejam obter resultados de análises
para projetos e publicação;
– Médicos patologistas ou infectologistas que desejam inspecionar ou validar resultados para geração de laudo;
Além de fornecermos toda a infraestrutura computacional, simplificamos a configuração de pipelines para análises de dados de microrganismos. Desta forma, você não precisará se preocupar com definições de parâmetros e configuração de ferramentas durante as etapas do processamento.
Instituições que confiam no nosso trabalho
