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Varsomics

Análise e identificação de microrganismos por NGS

Plataforma de bioinformática rápida e eficiente para identificação precisa de patógenos associados à doenças infecciosas e para análise de microbiomas

Somos parte do melhor Hospital da América Latina:

Preservamos a cultura organizacional de qualidade e diversidade que nos faz enxergar o longo prazo e valorizar o presente.

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Como o Varsmetagen pode te ajudar

Tenha o aliado ideal na prática da medicina diagnóstica mais precisa para doenças infecciosas. Entenda com o exemplo:

Método tradicional

Diagnóstico genérico de virose
PCR específico para cada patógeno

Viroma + Varsmetagen

1 único exame de wet-lab
Diagnóstico preciso

Passo a passo

Group 2078

1.Configuração da rotina

Cadastre uma rotina de análise especificando dados básicos, como pipeline de bioinformática desejado, plataforma de sequenciamento e kit utilizado no processo.

Group 2078

1.Configuração da rotina

Cadastre uma rotina de análise especificando dados básicos, como pipeline de bioinformática desejado, plataforma de sequenciamento e kit utilizado no processo.

Group 15889

2.Upload dos arquivos

Envie os arquivos brutos de sequenciamento NGS das amostras clínicas. O Varsmetagen aceita os principais formatos (FASTQ e FASTQ.GZ) e as principais plataformas de sequenciamento (Illumina e Ion Torrent).

Group 15892

3.Processamento de dados

É possível relacionar cada amostra (arquivos de entrada) a informações como data de coleta, tipo de amostra, ID único, paciente previamente cadastrado. Em seguida, apenas inicie o processamento e acompanhe o progresso.

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3.Processamento de dados

Você poderá relacionar cada amostra (arquivos de entrada) a informações como data de coleta, tipo de amostra, ID único, paciente previamente cadastrado. Em seguida precisará só iniciar o processamento e acompanhar o progresso.

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4.Análise e suporte à interpretação de resultados

Após finalizado o processamento, é possível avaliar métricas de qualidade e a diversidade de microrganismos presentes em cada amostra individualmente. Garantindo assim, mais segurança e praticidade na análise (interpretação dos resultados para geração de relatórios e laudos).

Implemente a medicina de precisão para o diagnóstico de doenças infecciosas!

Uma ferramenta robusta e intuitiva


Interface simples e prática
Simplifique e concentre todas as etapas de análises e interpretação dos resultados em um só lugar

Análises mais eficientes
Ganhe escalabilidade com múltiplas amostras sendo processadas simultaneamente

Resultados mais claros e intuitivos
Tenha diagnósticos e caracterização de doenças infecciosas com maior qualidade.

Interface simples e prática
Simplifique e concentre todas as etapas de análises e interpretação dos resultados em um só lugar varsacmg

Análises mais eficientes
Ganhe escalabilidade com múltiplas amostras sendo processadas simultaneamente varsacmg

Resultados mais claros e intuitivos
Tenha diagnósticos e caracterização de doenças infecciosas com maior qualidade. varsacmg

Anomalymeter

Escore de anomalia que tem o objetivo de destacar as espécies mais relevantes em uma amostra através de algoritmos de inteligência artificial. A ferramenta Anomalymeter do Varsmetagen é capaz de identificar organismos mais comuns, como bactérias que fazem parte da microbiota humana, e atribuir uma baixa pontuação a elas. Por outro lado, microrganismos atípicos como os patogênicos ou em abundância anormal, recebem uma pontuação alta. Desta forma, o algoritmo auxilia o pesquisador ou analista na priorização dos organismos mais relevantes para a análise.

Case de sucesso

Projeto SarsOmics, financiado pelo CNPq, surgiu no início da pandemia e realiza o sequenciamento de vírus da COVID-19, o SARS-CoV-2, além de estudar coinfecções com outros vírus, bactérias e fungos no trato respiratório de pacientes com COVID-19. Uma quantidade gigantesca de dados NGS vem sendo gerada pelo projeto, e a praticidade e escalabilidade do Varsmetagen tem ajudado no processo de análise e interpretação destes resultados.

Case de sucesso

Projeto SarsOmics, financiado pelo CNPq, surgiu na pandemia e realiza o sequenciamento de COVID. realiza o sequenciamento de SARS-CoV-2 , além de estudar co-infecções com outros vírus, bactérias e fungos, através de sequenciamento de nova geração (NGS).

Faça análises seguindo as diretrizes do College of American Pathologists.

O Varsmetagen permite implementar as principais diretrizes do CAP em sua análise.

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Converse com o nosso time

FAQ

Ainda hoje, vemos com muita frequência pacientes com síndrome febril que procuram atendimento sem que o agente etiológico seja precisamente identificado, pois os exames de PCR geralmente são específicos para identificar apenas um patógeno, fazendo com que o médico tenha que pedir vários exames. Isto pode demandar um tempo valioso que poderia ser aproveitado para o tratamento do paciente. Neste sentido, o exame de viroma, aliado com uma solução de bioinformática única e intuitiva como o varsmetagen, ajudará a trazer o paradigma da medicina de precisão ao diagnóstico de doenças infecciosas. Qualquer que seja o vírus, um único exame de wet-lab pode fornecer os dados para diagnóstico

– Analistas de laboratório que fazem exames na área de metagenômica e genômica de microrganismos e que não possuem conhecimentos aprofundados de bioinformática;
– Bioinformatas ou analistas que enfrentam problemas com as definições de pipelines para análises de dados de microrganismos;
– Pesquisadores da área de microbiologia e metagenômica que desejam obter resultados de análises
para projetos e publicação;
– Médicos patologistas ou infectologistas que desejam inspecionar ou validar resultados para geração de laudo;

Além de fornecermos toda a infraestrutura computacional, simplificamos a configuração de pipelines para análises de dados de microrganismos. Desta forma, você não precisará se preocupar com definições de parâmetros e configuração de ferramentas durante as etapas do processamento.

Instituições que confiam no nosso trabalho